Para estimular la preferencia por Cobija, se declaró puerto libre, no sólo de derechos aduaneros, sino de todas las gabelas que debían de pagar los barcos y los comerciantes; era la receta para competir con Arica.
En la ciudad de Chuquisaca, el 6 de agosto de 1825, se reunió la Asamblea General de Diputados de las Provincias del Alto Perú y acordaron desprenderse del Estado peruano y formar la República de Bolivia. El general Sucre fue designado Presidente Vitalicio del nuevo Estado. Simón Bolívar ordenó la fundación de un puerto en las costas del Despoblado de Atacama. De acuerdo con el informe entregado al general coronel O’Connor, encargado de señalar el lugar más adecuado, se estableció en la antigua rada de Santa Magdalena de Cobija, agregándosele ahora el nombre de Lamar, en homenaje al general ecuatoriano, el 28 de diciembre de 1825, cuatro meses después de la formación del Estado boliviano.
Tanto Sucre como, posteriormente, el presidente Santa Cruz, estimaban que Cobija le permitiría a Bolivia independizarse de Arica para el intercambio comercial con otros países. No obstante este pensamiento, se hizo el intento de adquirir Arica al Perú, intento fracasado. Para estimular la inmigración, se establecieron variadas franquicias para los habitantes: exención de impuestos, entrega gratuita de terrenos, donación de herramientas, etc.
LA DIFÍCIL EXISTENCIA DE COBIJA
Si bien es cierto la rada no presentaba grandes dificultades para el arribo de las embarcaciones, los problemas eran de otra índole: la distancia que lo separaba de Potosí. Para conectarse era indispensable transitar por un camino de ochocientos kilómetros, sin buenos albergues de descanso. El desplazamiento demoraba semanas, el tráfico de mercaderías era oneroso e inseguro. No obstante estas dificultades, existía otra más difícil de subsanar: obtener agua para la población. Existían vertientes, pero de aguas salobres para bebida de animales. Algunos comerciantes de Antofagasta, instalaron máquinas desaladoras de agua de mar. En general, el agua fue un producto escaso y de alto precio.
Dos fuertes terremotos —1868 y 1877— seguidos de destructores tsunamis, impactaron el desarrollo del puerto de Cobija, provocando muerte y grandes pérdidas materiales. Como si esto fuera poco, Cobija fue arruinada por la viruela y la fiebre amarilla
El desinterés de los bolivianos por avecindarse en Cobija fue la queja constante de la autoridad de gobierno local. Quizás el enraizamiento altiplánico de los bolivianos no los invitó a establecerse cerca del mar. Sin embargo, el puerto se llenó de chilenos y argentinos. Las cifras son elocuentes: en 1832, el 21 % de sus habitantes eran chilenos y el 11 % argentinos. Unas décadas más adelante, en 1875, el 84,14% era chileno. Igual situación ocurrió en Antofagasta y Mejillones. Chile perdió su acceso al océano Atlántico, porque los argentinos colonizaron la Patagonia. Semejante situación le sucedió a Bolivia.