La Educación Moderna o Funcional, comienza en La Serena con la instalación del Colegio y Residencia de la Compañía de Jesús, en 1672, sobre la base de una filosofía naturalista, experimental, no especulativa y postulando principios muy progresistas, como por ejemplo, que el poder político pertenece a la soberanía popular.
En su colegio desarrollaban clases de primeras letras y aula de gramática para la juventud de las familias aristocráticas. Su expulsión significa la decadencia y desaparición de esta educación de calidad hasta 1799, cuando las autoridades del Cabildo demandan a los agustinos a cumplir el compromiso de dictar clases de filosofía y teología.
Las órdenes religiosas de los franciscanos, mercedarios y dominicos tenían aulas gratuitas de enseñanza primaria y de artes de gramática, filosofía, latinidad y teología, con el propósito de instruir a los jóvenes para seguir el bachillerato en la Universidad de San Marcos, en Lima. Asimismo, asumían la catequesis para los niños y niñas de sectores medios y populares, más que nada con un propósito moral y evangelizador. Esta tarea se hacía extensiva a los poblados y asientos rurales ubicados en los valles del norte y sur en los Curatos y Doctrinas.
Durante el primer cuarto del siglo XIX, la educación pública queda en manos de la iniciativa privada para enseñanza de la lectura, escritura y las matemáticas, tarea que ejecutan maestros con autonomía para aplicar el refrán “la letra con sangre entra”, utilizando la palmeta y el chicote. El paradigma de la niñez, que solo dura hasta los catorce años, es la de un pequeño salvaje que necesita ser domeñado para transformarlo en un ciudadano de bien. Existen ocho o diez emprendimientos particulares, los que reciben, en 1824, la orden de aplicar el decreto gubernamental del 23 de marzo de 1824, que manda utilizar como texto de lectura la Constitución Política del Estado.
En La Serena, en el año 1830, solo existían dos escuelas públicas, que compartían la población estudiantil con la enseñanza particular laica y religiosa, bajo la supervisión de los inspectores estatales.
La educación femenina es particular. En el año 1833, era responsabilidad de Madame Dubois, quien ocupaba por arriendo el claustro de Santo Domingo. Al parecer, el lucro es un buen incentivo, pues, el año 1843, se concede licencia a la señora Timotea Carvajal de Ovando para abrir un colegio de señoritas, el cual estuvo ubicado en la esquina de calle Matta con Prat. Seis años más tarde, en 1849, la municipalidad de La Serena, propietaria del claustro de los franciscanos, lo arrienda a doña Antonia de Ulzurrun para establecer otro colegio de señoritas, con la condición de dar gratuidad educativa a seis alumnas externas.
La creación de la República significó, para los primeros gobiernos, la responsabilidad de diseñar un sistema educacional a fin de dotar al Estado de ciudadanos capacitados para asumir la administración de sus instituciones y organismos, mentalizados en una filosofía política liberal, racionalista y al servicio del bien común.
En Santiago, José Miguel Carrera crea el Instituto Nacional, y en La Serena, es el coronel Gregorio Cordovez, quien es consciente que el desarrollo y progreso de la región necesita de un establecimiento de educación superior para hombres. Así, obtiene la autorización del obispo de la Diócesis monseñor José Ignacio Cienfuegos, para invertir la herencia de don José Arviña en el Instituto Nacional de Coquimbo o San Bartolomé. El Senado de la República lo aprueba y el gobierno de Bernardo O’Higgins lo respalda por Decreto Supremo el 7 de abril de 1821. La municipalidad comunica al público que el instituto abriría sus puertas el 1 de julio de 1821.
La municipalidad, como sostenedora de este proyecto educativo, desplegó sus mayores esfuerzos para encontrar financiamiento, logrando que del legado de don Francisco de Rojas y Guzmán se aplicaran mil pesos. Luego, el Senado aprobó un privilegio especial para el instituto, financiarle con el derecho de balanza equivalente a un real y medio por quintal de cobre de barra exportado.