La ciudad, concebida como espacio civilizador, tiene como instrumentos facilitadores el poder político, el poder eclesiástico, el poder militar y el poder de la educación. Esta cosmovisión urbanista nos ayuda a comprender la ansiedad de Pedro de Valdivia y los conquistadores, en general, para fundar ciudades en el menor tiempo posible, pues implicaba dejar bajo la luz Divina y la voluntad del Rey, territorios y almas de las poblaciones bárbaras.
La ciudad de La Serena no estuvo ajena a esta pugna euro centrista, a pocos años de su primera fundación, a dos leguas de la costa, fue arrasada hasta sus cimientos. Su segunda fundación, a la vista de la mar, cumplió con todos los requisitos establecidos en las Leyes de Indias y su devenir urbano transcurrió apaciblemente; sin embargo, en el último cuarto del siglo XVI, la amenaza externa pone en jaque su existencia.
Las guerras que se libraban en Europa entre Inglaterra, Francia y los Países Bajos contra España y Portugal, por el dominio de los nuevos territorios y riquezas de Asia y América, significa la presencia en los mares de los corsarios, piratas, bucaneros y filibusteros, quienes asaltan los puertos, en demanda de oro, plata, especias y piedras preciosas. Ante esta amenaza, en 1573, Felipe II ordena que las ciudades no se construyan cerca de la mar, por las incursiones corsarias. La ciudad de La Serena corría este riesgo, y en 1578, Francis Drake, asalta los barcos anclados en la bahía de Coquimbo, amenazando la ciudad.
Hacia 1600, los vecinos y moradores de La Serena vivían en cincuenta casas más cuatrocientos indios de servicio, y todos los encomenderos e indios y esclavos dispersos en las estancias, haciendas y placillas mineras. Estos pacíficos y confiados habitantes sufrirán, en diciembre de 1680, la furia del corsario Bartholomé Sharp, quién invade La Serena y exige el pago de 95.000 pesos oro de rescate. Ante la negativa, incendia y destruye la ciudad llevándose un cuantioso botín y de paso desvalorizando totalmente las propiedades y edificios.
El pánico se apodera de la sociedad serenense que solo piensa en abandonar la indefensa ciudad, sin armamento ni fortificaciones. Ante la posibilidad del despueble total, el Cabildo reclama a sus habitantes “a batirse como nietos de los conquistadores de Chile”. Cinco años más tarde, en 1686, otro pirata Williams Knigh, desembarca en Tongoy, quien es rechazado, pero reaviva la sensación de desamparo y la idea de trasladar la ciudad a un sitio más seguro y lejos de la costa: el lugar elegido es el valle del Limarí, en los llanos de Tuquí.
La Real Audiencia es consultada, en 1686, la que responde que es una decisión real, pero solicita una Vista que indique los beneficios y problemas que acarrearía el traslado y el efecto que sufrirían las exportaciones del cobre, indispensable para el abastecimiento de las fundiciones de Lima y Sevilla. Asimismo, exige un consenso unánime entre los vecinos y moradores, debiendo el Cabildo explicar cómo se resolvería el pago de los censos y capellanías que gravaban las propiedades urbanas y rurales, y sobre todo, qué ocurriría con las rentas de la ciudad, en especial las que correspondían al rey. Agrega, además, que el traslado es una decisión soberana de los vecinos, quienes deben respetar el bien común y los bienes financieros de los indígenas.
La propuesta alcanza mayor relevancia ante la presencia del corsario Francisco Davis, en diciembre de 1686, quien invade y saquea en parte la ciudad, atrincherándose en el convento de Santo Domingo, desde donde es expulsado. El Cabildo de La Serena reitera al virrey del Perú, autorice el traslado o su fortificación y este responde que el rey no financiará las murallas, demandando que los vecinos deben defender su ciudad y si desean trasladarla que solventen los gastos en forma particular. Por su parte, el rey Felipe V dicta la Real Cédula de 1723, que prohíbe el traslado ante la imposibilidad de construir nuevos templos y edificios públicos.