Fue un hombre liberal que se vinculó con diversos ámbitos de la sociedad chilena como el político, el histórico, el social, el cultural, también las letras y luego la masonería. El Archivo Histórico Patrimonial de Viña del Mar resguarda y conserva valiosísimo material documental donado por algunos de sus descendientes, en el cual se puede apreciar gran parte de su carácter, como cuando le señala a su hijo: “las causas de esta guerra son enteramente económicas” o “te aseguro que más de una vez he anhelado morir frente al enemigo”.
Nace el 4 de diciembre de 1833 en Santiago y, en 1853, obtiene el título de agrimensor y es contratado como ingeniero ayudante para la construcción del ferrocarril desde Valparaíso hacia Viña del Mar. Es en esta ciudad donde conocerá a Mercedes Álvarez y contraerán matrimonio, el 8 de agosto de 1859, en la iglesia de La Matriz en Valparaíso. De esta unión nacerán dos hijos, Blanca y Salvador. Fue un hombre liberal que se vinculó con diversos ámbitos de la sociedad chilena como el político, el histórico, el social, el cultural, también las letras y luego la masonería.
En 1864 será nombrado regidor por la ciudad de Valparaíso y, posteriormente, será electo diputado. En 1874 presentará el proyecto de la Población Viña del Mar a la intendencia de Valparaíso; este dará origen, en 1878, para la creación de la Ilustre Municipalidad de Viña del Mar. Un año después, para el periodo de la guerra del Salitre o más conocida como la Guerra del Pacifico, se desempeñará como militar, para luego asumir el cargo de Ministro de Guerra y Marina y luego el de Ministro del Interior. Será durante este periodo que mantendrá un gran epistolario con su hijo Salvador, quien se encontraba estudiando en Suiza. En sus cartas contará grandes detalles de la guerra. Cabe destacar la gran labor de la historiadora Ana Henríquez Orrego, quien en su libro José Francisco Vergara: Guerra del Pacifico y Liberalismo, plasmó, de manera detallada, la figura y personalidad hasta ese entonces desconocida de José Francisco.
El Archivo Histórico Patrimonial de Viña del Mar resguarda y conserva valiosísimo material documental donado por algunos de sus descendientes, en el cual se puede apreciar gran parte de su carácter, como cuando le señala a su hijo: “las causas de esta guerra son enteramente económicas” o “te aseguro que más de una vez he anhelado morir frente al enemigo”. En 1881 será nombrado Gran Maestro de la Masonería chilena. El 15 de febrero de 1889, a los cincuenta y seis años, José Francisco Vergara murió de un infarto cardiaco mientras recorría su hacienda en Viña del Mar.